晁恩祥教授在近年来历次新发、突发的传染病中,积极指导、组织中医药参与传染病的救治,其治疫学术思想与临床实践有独到之处。强调温病与温疫之区别;认为近年来所发疫病的传染途径多从口鼻而入;强调了人体正气在预防疫病中的重要性,提出了符合临床实际的预防方药;治疗疫病时强调根据疫病的传变而辨证论治,在人感染高致病性禽流感、流行性感冒、呼吸道病毒感染后气道高反应及疫病后调理等方面提出了中医施治观点。晁教授的治疫学术观点对现代疫病的诊治与预防具有一定的指导意义。